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乳鐵蛋白的保健功能包括：
◆抗微生物/抗病毒活性；◆參與鐵的代謝；◆消炎作用；◆抗氧化功能
抗微生物活性
有報道表明乳鐵蛋白可以抑制多種細菌、真菌、寄生蟲和病毒生長發育，具有較廣譜的抗病毒性能，包括脊髓灰質炎病毒，單純皰疹病毒，丙型肝炎病毒，艾滋病毒，人巨細胞病毒，流感病毒，呼吸道合胞病毒，輪狀病毒及貓杯狀病毒。
發生的機理有幾種。乳鐵蛋白具有結合鐵離子的能力，而鐵離子為許多微生物生長所必需，這樣，乳鐵蛋白可以通過結合鐵離子使其周圍的鐵離子濃度大大降低，從而抑制了微生物的生長。
不僅如此，乳鐵蛋白還可以形成抗微生物的肽，這些肽能破壞或者穿過細菌。Saito等人研究發現，牛乳鐵蛋白在酸性條件下加熱產生的水解物（肽）具有抗菌活性，這一活性的最佳水解度約為10%（pH2.0，在120℃加熱15分鐘水解）。與原乳鐵蛋白相比，這些水解物沒有結合鐵的能力，且在富含鐵的基質中也能很好地保持活性，其抗菌活性與鐵的螯合無關，因此其抗菌機理不同于乳鐵蛋白。進一步的假設機理則是其本身結合到細菌的細胞膜上，改變細胞的滲透性，導致細菌死亡。
可能是由于乳鐵蛋白能阻止病毒與宿主細胞的結合，乳鐵蛋白表現出在體外實驗條件下降低各種病毒的活性。要深入了解乳鐵蛋白在阻止病毒感染中的作用還需要在人體內作進一步的研究。
參與鐵的代謝
乳鐵蛋白與轉鐵蛋白（人體中主要的鐵傳遞蛋白）相似性暗示其可能在正常的鐵代謝途徑中起重要作用。近期的研究結果卻顯示事實并非如此。乳鐵蛋白可能在感染和發炎時在人體的鐵代謝中起重要作用。
消炎功能
如今，乳鐵蛋白可直接影響發炎反應的猜想已獲證實。乳鐵蛋白具有結合LPS（脂多糖）的能力。LPS是一種細菌內毒素，是細菌感染引起發炎時重要的介質。乳鐵蛋白與LPS的結合將阻止LPS與其受體結合，從而減少發炎細胞因子。乳鐵蛋白另外一個抗發炎效應是通過與發炎部位的鐵結合從而阻止有害自由基的產生。
抗氧化功能
由于具有結合鐵離子的能力，乳鐵蛋白可能具有抗氧化的功能。在組織受損產生自由基的過程中，鐵作為重要的催化劑。自由基可促進多種疾病的發生和機體的老化�，F在已知自由基在疾病發展和老化過程中扮演著重要的角色。自由基產生于身體受損損傷，如感染或者發炎的部位。這些部位的鐵離子能加速自由基的生成。乳鐵蛋白在這些部位結合鐵離子起到局部抗氧化的作用。
