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經過60年的發展，臺灣乳業進入穩定發展的成熟期。但是，臺灣發展乳業的內外環境不斷發生變化，有些變的更加嚴峻。
（一）面臨的挑戰
1、國際乳業市場的壓力加大
由于歐盟2015年4月1日，取消了實施30年的牛奶配額制度，歐洲大型乳企行業擴大產能，積極通過入股或合資與大陸乳品企業深化合作，期望布局大陸市場，大陸改良乳牛性能及擴大規模飼養已初見成效，而且大陸乳企積極并購或入股國外優質乳品企業，直接掌握大量優質奶源。致使2015年的進口乳品（主要是奶粉）大幅減量，引發全球乳品供需失衡，造成乳價劇烈波動，此波動也勢必影響到臺灣。
2、國際貿易自由化沖擊，畜產品進口競爭加劇
近年來，臺灣積極進行區域性自由貿易協定的布局。臺灣與新西蘭專項液態乳的配額由5500噸，逐步增至10000噸，且于2025取消配額。這樣，也造成其他國家的效仿，也積極期待與臺灣洽簽經合協議，爭取同等待遇，逐步增加的關稅配額對臺灣乳業造成一定程度的沖擊。另外，臺灣積極爭取加入TPP/RCEP,而該區域經濟融合協定成員國已將牛肉、羊肉、豬肉及乳制品等市場準入及關稅降低列為談判事項，如完成協議簽署，相關產業的國際競爭壓力勢必再次加劇，利用關稅配額保護本土產業和乳品自給率的作用越來越弱。
3、原材料仍依賴進口，生產成本不斷升高
臺灣養畜所需的玉米、大豆和乳牛所需的優質牧草基本全部依賴進口。國際飼草、飼料市場供需變化和價格變化是臺灣左右不了的，過度對進口原材物料的依賴，一是造成乳牛生產成本進一步加大，二是造成供需的不穩定，影響產業發展。
4、氣候變化對乳業發展的影響有增無減
氣候變化對乳牛飼養、生乳產量影響大的特點不會變，而且臺灣高溫高濕這種熱帶、亞熱帶的氣候特征也不會變。臺灣氣候也在受全球氣候變暖的影響，近10年來臺灣臺風等極端氣候發生的頻率增加，如白夜溫差大，長期高溫引發干旱、熱浪、強降雨與異常天氣，這是臺灣乳業發展必須面對的強應激問題。
5、環境保護的壓力也在加大
臺灣是非常重視環境保護的地區。保護環境，限制或禁止污水、廢棄物排放的現行法律有《水污染防治法》和《廢棄物清理法》。畜牧廢水如欲排放于土壤，應依《水污染防治法》第32條規定處理至符合土壤處理標準及第18條所定的辦法，并經直轄市、縣（市）主管部門審查核準，發給許可證并報環保署核備，始得排放于土壤。最近修訂的《水污染防治法》，對違反者提高罰款10-20倍，該停產的應停工停產，并開始征收水污染防治費�！稄U棄物清理法》規定：畜牧糞尿各處理階段廢水如以槽車運送至預定地施灌農作，依“農業事業廢棄物再利用管理辦法”第4條規定，由事業（畜牧場）及再利用機構（耕作農民，果菜生產合作社）提出個案再利用申請，經中央農業主管機關（農委會）許可，即可再利用，由其可見，環境對乳業發展的約束趨緊。
另外，食品安全水平的提升，產品品牌化及產業鏈的延伸，新興流通渠道的開發拓展，酪農后繼人力的提升等方面的問題也都面臨新的挑戰。
（二）乳業發展趨勢
臺灣專家分析預測，未來酪農產業發展基本趨勢是：乳�？偞鏅诹糠�定，泌乳牛比例增長，頭均乳量提高，乳總量增加。
①乳�？傤^數保持在10萬頭左右，但酪農牧場數減少，但平均飼養規模會擴大到400頭左右；
②年總產乳量40萬噸，泌乳牛比例45%，每頭泌乳牛平均乳量9噸左右；
③物料和勞動力成本增加，獲利空間縮��；
④少數受過專業技術教育、培訓的技術人員從事牧場管理；
⑤牧場管理將進入精準的、主動的及預防性的管理時代。
未來，在全球乳業形勢變化的影響下，臺灣乳品關稅配額制度，產業政策、流通格局，科研方向等都將發生新的變化。
（三）應對策略
為應對持續面臨各種嚴峻的挑戰，臺灣農政部門提出積極的應對策略，提出：以強化乳品新鮮在地，優質安全形象為主線，有效區隔進口乳品為目標，從生產效率、食品安全、友善畜牧及環境永續等方面展開，采取五大推動策略。
一是強化產業自主管理，輔導建立可追溯體系，擴大認證驗證制度；二是發揮在地生鮮優勢，促進地產地銷，建立市場區隔進口乳品機制；三是加強食農教育與溝通，結合健康消費趨勢，提升消費者對地產乳品的認識水平；四是加速產業結構調整，構建適合臺灣生產模式的現代企業，提高資源利用及經營效率；五是培育農業青年人力，建立持續性競爭力。
在制定五大策略的同時，規劃短、中、長期產業提升行動方案，并逐步推動落實執行，形成專業分工、現代化、企業化生產體系。提升地產乳品品質，強化產、制、銷能力，落實地產地銷，開拓產品多樣化市場，延伸產業價值鏈，確保地產乳品的市場占有率。使臺灣乳業發展為優質安全與環境共生的可持續發展的產業，成為熱帶亞熱帶國家、地區發展乳業的典范。
